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Jan 11, 2013, 2:48:51 PM (12 years ago)

Author:

talau

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add César Manuel Vargas Benítez

TrabalhosConcluidos

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+=== UM ALGORITMO GENÉTICO PARALELO PARA O PROBLEMA DE DOBRAMENTO DE PROTEÍNAS UTILIZANDO O MODELO 3DHP COM CADEIA LATERAL ===
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+* Acadêmico: César Manuel Vargas Benítez
+* Orientador: Heitor S. Lopes
+* Ano: 2010
+* Tipo: Dissertação
+* Programa/Departamento: CPGEI
+}}}
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+Resumo: Este trabalho apresenta um algoritmo genético paralelo (AGP) para o problema de do-
+bramento de proteínas, utilizando o modelo 3DHP-SC. Este modelo tem sido pouco
+abordado devido ao elevado grau de complexidade envolvido. Foi proposta uma fun-
+ção de fitness baseada na energia livre e na compacidade do dobramento. Operadores
+genéticos especiais foram desenvolvidos, além de estratégias para auxiliar o algoritmo
+no processo de busca de conformações de proteínas. Vários experimentos foram rea-
+lizados para ajustar todos os parâmetros do sistema, incluindo os parâmetros básicos
+do AG (probabilidades de mutação e crossover, e o tamanho de torneio) e os parâme-
+tros dos operadores especiais e das estratégias. O efeito da matriz de energias para
+o modelo no desempenho do algoritmo também foi estudado. Uma comparação com
+outra abordagem de computação evolucionária também foi realizada, a fim de veri-
+ficar o desempenho do método proposto. Devido a não existir, até então, benchmarks
+para teste deste modelo, foi proposto um conjunto de 25 sequências baseado em outro
+modelo mais simplificado. Os resultados obtidos mostraram que o AGP alcançou um
+bom nível de eficiência e obteve dobramentos biologicamente coerentes, sugerindo a
+adequabilidade da metodologia proposta.
+
+Abstract: This work presents a parallel genetic algorithm (PGA) for the protein folding problem,
+using the 3DHP-SC model. This model has been sparsely studied in the literature due
+to its complexity. A new fitness function was proposed, based on the free-energy and
+compacity of the folding. Special genetic operators were developed, besides strategies
+to aid the algorithm in the search of protein conformations. Many experiments were
+done to adjust all the parameters of the system, including the basic parameters of the
+GA (mutation and crossover probability, and tournament size) and parameters of the
+special genetic operators and strategies. The effect of the energy matrix of the model
+in the performance of the algorithm was also studied. Moreover, a comparison with
+other evolutionary computation approach was done, to verify the performance of the
+proposed method. Since there is no benchmark available to date, a set of 25 sequences
+was used, based on a simpler model. Results show that the PGA achieved a good level
+of efficiency and obtained biologically coherent results, suggesting its adequacy for the
+problem.
 
 === NGWA: Esquema de Controle de Congestionamento para TCP Baseado na Banda Disponível ===